然而很多临床医师接受基因方面的训练有限，各种基因检测手段的应用及其含义解读就成为一个很大挑战。了解 NGS 技术的使用范围和结果应用有助于更有效地用好这个手段。
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NGS 是什么？
NGS 是平行检测大量 DNA 小片段，之后使用特定算法为基础的生物信息学分析将个体检测数据和参考基因序列比对以发现可能的变异。
NGS 的主要目的是发现临床可治疗的基因变异，指导患者治疗。此外在发现预后不良因素，发现耐药和药物毒性方面也有一定的临床意义。
NGS 的特点是高通量，可检测整个基因组，且可深度覆盖小 DNA 区域，检出小克隆或低丰度循环肿瘤 DNA（ctDNA）等低频事件。需要同时检测多种基因时，NGS 有助于节省组织标本和检测时间，并具有更好的性价比。
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检测靶点
使用靶向药和免疫治疗前，首先要先明确是否具有相应靶点或预测获益的免疫反应预测标志物。然而不是所有肿瘤都有必要行 NGS 检测，是否检测应考虑以下因素：
肿瘤类型
具有多种基因突变且有相应靶向药物的晚期肿瘤患者才应该首选 NGS 检测。例如 ESMO 推荐意见中，建议晚期非鳞非小细胞肺癌（NSCLC），晚期前列腺癌，晚期卵巢癌和晚期胆管癌患者常规应用 NGS 进行检测，晚期结肠癌可考虑行 NGS 检测。
高度微卫星不稳定（MSI-H）和高肿瘤突变负荷（TMB）已经获批「泛瘤种」免疫标志物。在这两种情况发生概率较高的肿瘤中，如晚期结直肠癌、胆管癌、胰腺癌、宫颈癌等肿瘤中可考虑检测。
而不具有多靶点异常或早期肿瘤中聚合酶链式反应（PCR）方法就已经足够。
治疗线数
对于已经具有标准治疗方案的一线治疗患者，除了上述具有多靶点异常的肿瘤外， PCR 就足够。但是对于已经没有太多可选治疗方案的后线治疗患者来说，NGS 有助于寻找更多治疗靶点。
患者意愿
后线治疗时检测到有意义靶点的概率并不大，即便检测出来，相应药物通常尚未获批该瘤种适应证，使用后获益的概率也较低，应充分告知患者。
由于 NGS 检测靶点众多，有时可检测出非该瘤种的基因变异，例如在结直肠癌中检测出 RET 融合这一 NSCLC 和甲状腺癌的驱动基因，甚至意义未明的基因异常。这时候可以参考检测公司提供的基因分析信息，不过还是建议医师自己在 NCBI，TCGA，Uniprot 等网站查找基因和异常位点的意义，明确基因在该瘤种中的致病性，并查找可能有效的治疗药物或临床试验。
现将常见肿瘤的常用靶点总结于下。其中「推荐检测」是指在临床试验中证实，可指导治疗决策的靶点，而「考虑检测」是指仅存在低级别证据，或在其他肿瘤中证实治疗有效的靶点。
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检测流程
是否行 NGS 检测
明确检测目的，根据需要检测的靶点和可能的结果决定是否需要行 NGS 检测。
分析方法选择
常用的 NGS 方法包括肿瘤靶向测序，全外显子测序，全基因测序和 RNA 测序，可以根据需要和各种方法的优缺点进行选择。
样本选择
一般来讲，新鲜标本优于甲醛固定石蜡包埋（FFPE）样本，组织优于血液检测。
生物信息学分析和解读
实验室通常会提供关于检出变异的大致分析，不过还是建议自行分析基因，查找文献，分析临床意义，寻找治疗药物。
患者交流
需就检出靶点的临床意义，临床获益未知的情况下是否愿意接受相应治疗等方面进行充分沟通。
NGS 是为晚期肿瘤患者增加治疗机会，提升治疗效果的有力武器，但是 NGS 检测结果解读对专业要求较高，因此建议临床医师和病理科医生、分子生物学专家合作，建立分子肿瘤专家组（MTB），这也是肿瘤临床的发展方向。